Формы организации научной работы в университете разнообразны. Это выполнение госбюджетных исследований, проведение фундаментальных, поисковых и прикладных работ на основе участия в федеральных и межвузовских научно-технических программах, конкурсах на получение грантов, реализация результатов научных исследований в народном хозяйстве на основе хозяйственных договоров.
В течение последних трех лет в университете было организовано 65 научных мероприятий (конференции, семинары, круглые столы и научные чтения) по проблемам морского образования, воспитания обучающихся, транспорта, экологии, социально-политическим проблемам, вопросам национальной безопасности. Также университет организует и принимает участие в научно-технических и инвестиционных выставках, которые организуют Дальневосточный инновационно-технологический центр и Центр охраны интеллектуальной собственности.
Приоритетные направления, по которым ведутся научные исследования:
1. Совершенствование технической эксплуатации флота.
2. Совершенствование технологии и управления судоремонтным производством.
3. Применение мягких и гибких конструкций на морском транспорте.
4. Автоматизированные системы проектирования судовых транспортных средств, технического менеджмента промышленных и транспортных предприятий.
5. Решение научно-методических проблем повышения эффективности учебного процесса.
6. Совершенствование средств и методов судовождения.
7. Технические средства судовождения и связи.
8. Энерго- и ресурсосберегающие и экологические технологии на транспорте и в энергетике.
9. Диагностирование и надежность электронных и биологических систем.
10. Антенны и электромагнитная совместимость электронного и электрического оборудования.
11. Разработка и внедрение корпоративных информационных систем и Интернет-технологий.
12. Исследование в области социально-политического мониторинга.
13. Исследования в области философской антропологии, психологии поведения специалистов морского флота в экстремальных условиях.
14. Информационные технологии на транспорте и в обучении.
15. Совершенствование языковой подготовки специалистов морского транспорта.
16. Проблемы воспитания моряков.
17. Морское право и правовое обеспечение торгового мореплавания.
18. Финансы и экономика.
В государственном университете активно работают научные школы, составляющие основу научного потенциала университета:
1. «Мягкие оболочки», руководитель — д.т.н., профессор Азовцев А.И.
2. «Химмотология судовых моторных масел и топлив, судовых ДВС», руководитель — д.т.н., профессор Кича Г.П.
3. «Современные методы восстановления и упрочнения деталей судовых технических средств», руководитель — к.т.н. Ходаковский В.М.
4. «Диагностика и совершенствование тепловых систем и автоматики СЭУ», руководитель — д.т.н., профессор Слесаренко В.Н.
5. «Исследование процессов и оптимизация технико-экономических характеристик котельных установок», руководитель — к.т.н., доцент Резник А.Г.
6. «Оптимальное и адаптивное управление нелинейными динамическими объектами», руководитель — д.т.н., профессор Дыда А.А.
7. «Разработка и исследования технических средств навигации и методов их комплексного использования» — руководители д.т.н., профессор Завьялов В.В.
8. «Исследование и разработка инновационных технологий и оборудования для предотвращения загрязнения моря с судов» — руководитель д.т.н., профессор Тихомиров Г.И.
9. «Лазерная физика» - руководитель д. ф.-м. н., профессор Букин О.А.
В университете регулярно выпускаются вестники следующих серий: «Судовождение», «История морской науки, техники, образования», «Гуманитарные науки», «Судостроение и судоремонт», «Экономика и управление», «Обществоведческие науки», «Теория и практика защиты моря», «Автоматическое управление, математическое моделирование».
По результатам научных исследований за последний год было опубликовано 15 монографий, общим объемом 180,25 п.л., изданы сборники научных трудов и вестники общим объемом 321,75 п.л.
Университет активно и успешно осуществляет совместную деятельность с предприятиями и организациями Дальневосточного региона, плодотворно сотрудничает с законодательной и исполнительной властью Приморского края, научно-исследовательскими институтами Дальневосточного и Сибирского отделений Российской академиии наук: Институт оптики атмосферы им. В.Е. Зуева; Институт автоматики процессов управления; Тихоокеанский океанологический институт им. В.И. Ильичева. Дальневосточный федеральный университет; Государственная академия имени адм С.О. Макарова; Научно-исследовательский и проектно-конструкторский институт морского флота (ЦНИИМФ) и другими высшими учебными заведениями, а также с зарубежными организациями; активно участвует во Всероссийских инновационных конференциях, конкурсах, площадках, форумах и ярмарках.
