Будущая гавань предназначалась для заправки и стоянки судов, идущих по трассе Северного морского пути. Диксонская гавань находилась в месте впадения Енисея в Северный Ледовитый океан, что было удобно для будущих перевозок. В 1934 году силами 145 строителей, прибывших из Архангельска и Игарки, началось строительство порта и поселка.
В 1941 году был сдан в эксплуатацию главный причал, однако грузы начали принимать еще в 1936 году на причалах, построенных на о. Конус. В 1970-х годах в порту были построены склады, новое здание управления порта, жилой дом.
В 1995-2004 годах порт входил в состав Заполярного транспортного филиала ОАО "ГМК "Норильский никель", а с 2004 года является муниципальным унитарным предприятием "Диксонский морской порт".
С 2020 года в порту работает пропуск через государственную границу РФ, осуществляется круглогодичная навигация. На сегодняшний день предприятие постепенно развивается: с 2023 года введен в эксплуатацию новый угольный терминал "Енисей", сообщает Таймырский краеведческий музей.
