В структуре учреждения создан отдел оказания государственных услуг, организованный для обеспечения безопасности судоходства, извещает Федеральное агентство морского и речного транспорта.
В функции отдела вошли государственная регистрация прав и сделок с судами внутреннего водного транспорта (ВВТ), спортивными парусными и маломерными судами, присвоение названий судам, учёт плавучих объектов и бесхозных судов, выдача удостоверения личности моряка и мореходной книжки, дипломирование членов экипажей судов ВВТ, спортивных парусных и маломерных судов, выдача лоцманских удостоверений, свидетельств о минимальном составе экипажа и хранение судовых журналов.
