- Общее собрание Ассоциации;
- Совет Ассоциации;
- президент и вице-президенты;
- исполнительная дирекция;
- рабочие комитеты;
- ревизионная комиссия.
Высшим руководящим органом Ассоциации является Общее собрание Ассоциации – уполномоченных представителей всех ее членов. Руководство текущей деятельностью Ассоциации осуществляет Исполнительная дирекция. Место расположения Исполнительной дирекции – г. Москва.
В настоящее время в состав Ассоциации входят 32 члена.
Президент Ассоциации: Вихров Николай Михайлович - генеральный директор ЗАО "Канонерский судоремонтный завод" (г.Санкт-Петербург), доктор технических наук.
Вице-президенты:
- Мазунов Олег Анатольевич – генеральный директор ОАО "Мурманский судоремонтный завод" (г. Мурманск);
- Радченко Леонид Семенович – генеральный директор ОАО "Моряк" (г. Ростов – на Дону).
Исполнительный директор: Елизаров Николай Иванович (г. Москва).