Кстати, строительство ВМС велось не на пустом месте, поскольку на казахстанской территории имелась определенная военно-морская инфраструктура распавшегося СССР. В частности, речь идет о 284-м дивизионе кораблей охраны водного района Каспийской флотилии (порт Баутино в Тюб-Караганском заливе) и дивизионе кораблей специального назначения на Аральском море, организационно также входившем в состав КФ. Последний предназначался для обеспечения деятельности космодрома Байконур и научно-исследовательского центра по разработке биологического оружия на острове Возрождения (так называемый объект «Сектор»). Данный дивизион имел в своем составе малые десантные корабли проекта 106К (для транспортных перевозок), применявшиеся в качестве поисковых судов катера-торпедоловы проекта 368Т, десантные катера на воздушной подушке проекта 1205 (возможно, в специальном поисковом исполнении по проекту 1205П) и некоторые другие плавсредства.
Поисковые суда предназначались для отыскания приводнившихся на акватории Аральского моря космических аппаратов или их фрагментов. В качестве авиационного компонента этих поисково-спасательных сил использовались вертолеты-амфибии Ми-14ПС, базировавшиеся на аэродроме в Аральске.
На территории Казахской ССР находились и объекты материально-технического обеспечения и тыла ВМФ (склады и т.д.).
В ходе раздела советской Каспийской флотилии Казахстану, по некоторым сведениям, достались 18 ее малых кораблей и вспомогательных судов – предположительно все единицы Аральского дивизиона и находившиеся непосредственно на Каспии опытовое судно ОС-213, устаревший малый торпедный катер ТК-47 (видимо, проекта 123К), два патрульных (по официальной классификации – артиллерийских) катера проекта 1400 (тип «Гриф»), два патрульных (разъездных) катера проекта 14081 (тип «Сайгак») и вспомогательные суда «Волна» и «Прибой». Однако, судя по всему, указанные опытовое и вспомогательные суда, а также торпедный катер в строй национальных ВМС введены не были.
Во второй половине 1990-х годов в состав ВМС Казахстана вошли четыре немецких патрульных катера береговой охраны проекта 369 постройки 1952–1953 годов, шесть малых патрульных катеров американской постройки типа «Донтлес» (безвозмездные дары ФРГ и США) плюс переданные Россией в счет «байконурского долга» два рейдовых тральщика проекта 1258 и два патрульных катера типа «Гриф». 17 августа 1996 года в порту Актау (бывший Шевченко) командирам патрульных катеров ВМС Казахстана были вручены учрежденные указом президента страны Нурсултана Назарбаева № 3068 от 18 июля 1996 года национальные военно-морские флаги.
Кроме того, в 1998 году Казахстан получил несколько таможенных катеров от Объединенных Арабских Эмиратов.
Наиболее же крупные зарубежные приобретения ВМС Казахстана относятся уже к 2000-м годам: в 2001-м им также был передан в порядке оказания безвозмездной военной помощи турецкий сторожевой катер типа «Тюрк» постройки 1970 года, в 2006-м Южная Корея продала Астане по символической цене три сторожевых катера типа «Си Долфин» (по 100 долл. за каждый). Ныне планируется закупить в Украине патрульные катера типа «Гриф» и четыре патрульных катера типа «Калкан».
В дополнение к ранее поставленным катерам США в рамках программы Государственного департамента по оказанию помощи в области экспортного контроля и безопасности границ (EXBS) отдали морским частям пограничной службы Комитета национальной безопасности Казахстана еще три патрульных катера «быстрого реагирования», построенных компанией SAFE Boats International (Порт-Орчард, штат Вашингтон). Торжественная церемония передачи катеров состоялась в октябре 2005 года в порту Баутино.
