На сегодняшний день в структуру предприятия входят 12 филиалов, осуществляющих свою деятельность в 24 субъектах Российской Федерации.
В соответствии с приказом ФГУП "Росморпорт" от 23.03.2023 № 107 утверждено Положение о Северо-Восточном бассейновом филиале ФГУП "Росморпорт" – обособленное подразделение, в состав которого входят Анадырское и Магаданское управления.
Филиал не является юридическим лицом и осуществляет свою деятельность в морских портах Анадырь, Беринговский, Ванино, Де-Кастри, Магадан, Мыс Лазарева, Николаевск-на-Амуре, Охотск, Певек, Провидения, Советская Гавань, Эгвекинот, сообщает ФГУП "Росморпорт".
