1. Группа судов (рыбо-промысловых, зверобойных, спортивных, служебно-вспомогательных или др.), объединенных для решения общих задач.
2. Оперативное объединение военных кораблей (в некоторых государствах тактическое соединение кораблей и судов). Флотилии бывают морские, озерные и речные, могут входить в состав флота или подчиняться непосредственно главнокомандующему ВМФ. В Русском государстве первая военная Флотилия была создана в 1558 г. на Балтийском море для охраны от пиратов Нарвского морского пути (каперская флотилия). В период иностранной военной интервенции и Гражданской войны (1918 — 1920) было создано свыше 20 речных и озерных Флотилий (Волжская, Астрахано-Каспийская, Азовская, Днепровская, Онежская, Амурская и др.) для содействия сухопутным войскам. Существенный вклад в победу 1945 г. внесли Ладожская Флотилия (оборона Ленинграда), Волжская Флотилия (оборона Сталинграда), Пинская Флотилия (боевые действия на реках Днепр, Десна, Березина, Припять) и др.