Комиссия пришла к выводу, что причинами аварии явилась совокупность следующих факторов: невыполнение судовладельцем и капитаном судна требований нормативных документов, регламентирующих безопасность судоходства при планировании, подготовке и осуществлении рейса, в ходе которого не обеспечивалась безопасность плавания судна, а также низкая квалификация и недисциплинированность членов экипажа судна.
Непосредственной причиной затопления судна явилось существенное снижение его остойчивости в штормовых условиях в результате попадания забортной воды в помещения судна через открытые бортовые иллюминаторы и образования свободной поверхности воды в отсеках ниже главной палубы, что привело к возникновению значительного крена судна на правый борт и последующему затоплению судна вследствие дальнейшего поступления большого объема забортной воды в корпус судна с правого борта через главную палубу.
В ходе расследования было установлено, что 10 июля 2011 г. в 11:15 капитан д/э «Булгария», несмотря на действовавшее штормовое предупреждение по силе ветра и видимости на Куйбышевском водохранилище (порывы ветра до 20 м/с,), не поставив в известность ближайшего диспетчера о предстоящем рейсе, принял решение на переход судна от причала н.п. Болгары в Казань.
Перед выходом в водохранилища на судах внутреннего водного плавания должны задраиваться все иллюминаторы и люковые закрытия ниже главной палубы, в том числе в пассажирских каютах. Однако экипаж судна «Булгария» проигнорировал это требование безопасности, а также не обеспечил контроль за его выполнением в пассажирских каютах. В ходе осмотра затонувшего судна водолазами было зафиксировано, что на левом борту дизель-электрохода было открыто 27 иллюминаторов, на правом - 11 иллюминаторов.
При движении судна наблюдался крен на правый борт около 4 градусов. В ходе последующего осмотра аварийного судна в доке обнаружены четыре отверстия в корпусе судна с правого борта, в месте расположения цистерны для сбора сточных вод, общей площадью 44 кв. см.
Около 12:25 10 июля 2011 г. судно попало под воздействие сильного порыва ветра с левого борта, начался сильный ливень с грозой. В этот момент д/э «Булгария» входил в левый поворот у осевого поворотного буя № 82, для чего рули судна были положены влево на 5 градусов. Следует отметить, что при перекладке рулей влево все теплоходы приобретают дополнительный динамический крен на правый борт. Комиссия предполагает, что после начала поворота в левый борт судна ударил ветровой шквал под углом, близким к прямому. Из-за воздействия шквалистого ветра на площадь всего левого борта судно еще более накренилось на правый борт. Угол крена на правый борт составил 9 градусов. При таком крене иллюминаторы правого борта вошли в воду, вследствие чего через открытые иллюминаторы за 1 минуту в отсеки судна поступило около 50 тонн забортной воды. Для уменьшения площади воздействия ветра на левый борт капитан принял решение лечь курсом «на ветер», для чего рули были положены на 15° влево, в результате чего судно еще больше накренилось на правый борт. В результате сложения имевшегося статического крена на правый борт, инерционных сил, возникающих при выполнении судном поворота, давления, вызванного действием ветра на левый борт, а также влияния волнения и качки судна, возник дополнительный кренящий момент, который образовал крен 13° на правый борт. При этом суммарное количество поступающей в отсеки судна воды достигло 125 тонн в минуту. В результате все иллюминаторы и часть главной палубы правого борта погрузились в воду. Вода через открытые иллюминаторы, брызгозащитные двери и входные люки главной палубы стала интенсивно поступать во внутренние помещения судна. За последующие 5-7 секунд произошло резкое увеличение крена от 15 до 20 градусов, в результате чего судно опрокинулось на правый борт и затонуло.
Комиссией сделан вывод, что причинами аварии явилась совокупность следующих факторов:

1. Невыполнение судовладельцем и капитаном судна требований нормативных документов, регламентирующих безопасность судоходства при планировании, подготовке и осуществлении рейса, в ходе которого не обеспечивалась безопасность плавания судна. Так судовладельцем и капитаном судна сознательно были нарушены ограничения Российского Речного Регистра к судам данного проекта, запрещающие их эксплуатацию:
- с неисправностями судовых механизмов (на судне с 08 июля 2011 г. не работал левый главный дизель-генератор);
- с повреждениями корпуса (наличие четырёх отверстий).
- при силе ветра более 7 баллов (13,5 – 17,4 м/сек) при котором не обеспечивались требования «Информации об остойчивости и непотопляемости судна». Сила ветра на момент аварии составляла – 20 м/сек. (очень крепкий ветер, шторм) с порывами, достигающими ещё больших величин;

2. Низкая квалификация и недисциплинированность членов экипажа судна, выразившаяся:
- в непринятии необходимых мер безопасности при выходе судна в водохранилище и при получении штормового предупреждения. На судне не были задраены иллюминаторы правого и левого борта, в том числе в машинном отделении, где несли вахту только члены экипажа;
- в самовольном, без получения команды с мостика, отключении старшим механиком главного дизель-генератора правого борта;
- в выводе из строя судовых механизмов вследствие несоблюдения Правил технической эксплуатации;
- в несоблюдении общепринятых приёмов и способов управления судном. Маневр поворота влево был осуществлён без учёта: особенностей остойчивости судна, уже имевшегося крена в 4° на правый борт; дополнительно возникающего крена на правый борт, вызванного центробежной силой при циркуляции влево; дующего в левый борт крепкого ветра и большой парусности судна;
- в нарушении капитаном судна требований пунктов 15 и 16 Порядка диспетчерского регулирования движения судов на внутренних водных путях Российской Федерации, утвержденных приказом Минтранса России от 1 марта 2010 г. № 47 «Об утверждении прядка диспетчерского регулирования движения судов на внутренних водных путях Российской Федерации» (капитан не проинформировал диспетчера и не получил диспетчерское разрешение на движение судна).

В работе Комиссии Федеральной службы по надзору в сфере транспорта принимали участие специалисты Ространснадзора, представители научных организаций (Центрального научно-исследовательского института морского флота), классификационных обществ (Российского Речного Регистра). Также Комиссией были учтены мнения независимых специалистов из числа ветеранов-судоводителей и судомехаников речного флота, представителей общественных организаций (Ассоциации судоходных компаний, Союза Российских судовладельцев), других лиц и организаций.
Материалы расследования в установленном порядке будут направлены в Генеральную Прокуратуру Российской Федерации.
Ространснадзор проводит собственное расследование по действиям и степени ответственности должностных лиц ведомства.

Ссылки по теме:
Казанский суд арестовал двух чиновников по делу "Булгарии 
Опознана последняя погибшая на "Булгарии"
МК: секретная версия гибели "Булгарии" 
Следователи перечислили неполадки "Булгарии" 
Уточнения относительно трагической гибели теплохода "Булгария"